Dear Teodoro,<br>I'm running QM/MM cp2k on a pretty big system.<br>I'm using amber topology so I need a way to SHAKE the water molecules<br>I
 understand I do it in the &MOTION section with something like that,
 using molecule as, without a psf I cannot specify the molname <br><br>  &CONSTRAINT<br>    &G3X3<br>      MOLECULE                     31<br>      DISTANCES                    1.7958  1.7958  2.85444<br>      ATOMS                        1 2 3<br>      EXCLUDE_QM<br>    &END G3X3<br>  &END CONSTRAINT<br><br>Here
 31 is the molecule kind number  of the fist water molecule as guessed 
from the output of a tentative run with verbose output: I get the 
molecule kind name is MOL30 and the molecule kind number is 31: is it 
right?<br><br>    31. Molecule kind: MOL30                     Number of atoms:              3<br>                     Atom         Atomic kind name<br>                        1                       OW<br>                        2                       HW<br>                        3                       HW<br><br>        The name was automatically generated: T<br>        Number of molecules:      1<br>        Molecule list:               31<br>        Number of bonds:            3<br><br><br><br>The
 problem is that I have 47883 water molecules: do I have to repeat this 
CONSTRAINT  section (or the &G3X3 subsection ) 50 thousand time? the
 input would be pretty big.<br>Is there a clever way to SHAKE water molecules in my case?<br><br>you write in your previous answer <br>MOLECULE 1..15<br><br>but
 from the manual I understand MOLECULE takes only one integer: what does
 your line mean? can I specify for a range instead then for a single 
molecule?<br><br>Is it possible to have the code recognizing a MOLNAME also when one uses an amber topology?<br>I
 am forced to use amber topology as I did not find the ambertocharmm 
converter (leap2fist ?) anymore and I have to shake water, of course.<br><br>More in general: what do you mean by "molecule"?<br>each residue of a protein is assigned to a "molecule": what is the  meaning of that?<br>TOPOLOGY > <a href="http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY.html#list_PARA_RES" id="desc_PARA_RES">PARA_RES</a> is set to TRUE<br>what if I set it to FALSE?<br>I
 get the term molecule has nothing to do with its chemical meaning, but 
my protein part is composed by more than one sub-units: does that 
conflicts with <a href="http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY.html#list_PARA_RES" id="desc_PARA_RES">PARA_RES</a> FALSE?<br>Then I get some strange molecules as well like <br>     1. Molecule kind: _QM_MOL0                  Number of atoms:          10657<br>this is not the QM part, nor the QM + link and I am lost <br><br>thanks for the help<br>m<br><br><br>