<br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_quote"><br>Dear CP2K users,<div><div></div><div class="h5"><br><br>I am performing MD simulation using cp2k. I have a question regarding input file preparation. I am reading coordinates from PDB file and using amber force field. I would like water to be rigid during simulation. What will be the suitable keyword in MOLNAME option, it will be great help for me. Because in PDB file there is no MOL keyword.<br>


<br>  &CONSTRAINT<br>    &G3X3<br>      EXCLUDE_QM<br>      DISTANCES 1.8896447 1.8896447 3.0862864<br>      MOLNAME ????<br>      ATOMS 1 2 3<br>    &END G3X3<br>  &END<br><br>PDB file of WATER looks like:<br>


<br>ATOM  32914  H1  WAT  9851     -37.475 -29.571 -27.585  1.00  0.00<br>ATOM  32915  H2  WAT  9851     -37.251 -29.868 -26.118  1.00  0.00<br>ATOM  32916  O   WAT  9851     -37.763 -29.316 -26.708  1.00  0.00<br>TER<br>


ATOM  32917  H1  WAT  9852     -36.769 -28.630 -19.298  1.00  0.00<br>ATOM  32918  H2  WAT  9852     -37.711 -27.567 -19.823  1.00  0.00<br>ATOM  32919  O   WAT  9852     -37.696 -28.394 -19.341  1.00  0.00<br><br>Have a nice day,<br>



<br>
Thanks,<br><font color="#888888">
Maiti<br>
</font></div></div></div><br>
</div><br>