Matthias,<div><br></div><div>  Awesome ! Following your suggestions, I am able to build up the GTH potentials with HCTH407 functional. </div><div><br></div><div>  The HCTH407 potentials seem to work well, giving results close to HCTH120.</div>
<div><br></div><div>   Thanks for your help.</div><div><br></div><div>Hanning<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 30, 2010 at 6:52 AM, Matthias Krack <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthia...@psi.ch">matthia...@psi.ch</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Hanning,<br>
<br>
the final segmentation fault may have various reasons and I cannot<br>
tell you exactly the reason.<br>
However, here are some suggestions concerning the fitting procedure:<br>
<br>
- The atomic all-electron reference calculation is usually performed<br>
for the relativistic atom. Such a run will produce more information<br>
which is later used as a reference during the fitting of the new<br>
pseudopotential.<br>
<br>
- use the final psp.par and weights.par files of an already optimised<br>
pseudopotential, e.g. C HCTH120 as a starting point. These parameters<br>
are most likely a very good guess.<br>
<br>
- don't try to optimise all parameters, just check the FITPAR file for<br>
C from another functional, e.g. again HCTH120<br>
<br>
Best regards,<br>
<font color="#888888"><br>
Matthias<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Aug 30, 6:58 am, NUCP2K <<a href="mailto:chenh...@gmail.com">chenh...@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear CP2K community,<br>
><br>
>   Could someone share me the GTH pseodopotentials for Carbon and<br>
> Nitrogen using the HCTH407 functional ? It seems that only the files<br>
> for Oxygen and Hydrogen are on the repository.<br>
><br>
>   I tried to use the following "atoms.dat" file to build up the<br>
> pseudopotential for Carbon.<br>
><br>
>          C<br>
>    HCTH407<br>
>    nonrel<br>
>        60.0     10.0 30.0      rmax,aa,bb<br>
>        1.3d0   50.0            rcov,rprb<br>
>     1    3                     number of core and valence orbitals<br>
>     2    0     2.00      0.00<br>
>     2    1     2.00      0.00<br>
>     3    0     0.00      0.00<br>
><br>
> Some all-electron files were successfully generated together with the<br>
> "psp.par"<br>
><br>
>   10   2.0     ng, rij (initial guess)<br>
>    1.3000000000  50.0000000000 rcov, rprb<br>
>  non relativistic calculation<br>
>  HCTH407      XC-functional<br>
>   6.000  4.000  0.325  0.0 0.0 0.0 0.0    znuc,zpseudo,rloc,gpot()<br>
>            2  lpx<br>
>   0.325  0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 r_l(), hsep()<br>
>   0.325  0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 r_l(), hsep()<br>
>   0.325  0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 r_l(), hsep()<br>
><br>
> and "weights.par".<br>
><br>
>  Initial weight-guess from atomic-program<br>
>  ----------------------------------------<br>
>     .1E+03     weight_psir0<br>
>     n   l  so   eigval  chrg    dchrg  ddchrg  res    rnode dnode<br>
> ddnode<br>
>    2   0 0.00   1.0e0   1.0e0   0.0e0  0.0e0   0.0e0  1.0e0 0.0e0<br>
> 0.0e0<br>
>    2   1 0.00   1.0e0   1.0e0   0.0e0  0.0e0   0.0e0  1.0e0 0.0e0<br>
> 0.0e0<br>
>    3   0 0.00   0.0e0   0.0e0   0.0e0  0.0e0   0.0e0  0.0e0 0.0e0<br>
> 0.0e0<br>
><br>
> Thereafter, I created the file "FITPAR" as instructed:<br>
><br>
>   Fit                        Parameter<br>
>  t    t t t t                rloc,gpot(1,..,4)<br>
>             2                lmax<br>
>  t    t t t t t t            r_l(1),h11,h12,h22,h13,h23,h33 (l=0)<br>
>  t    t t t t t t            r_l(2),h11,h12,h22,h13,h23,h33 (l=1)<br>
>  f    f f f f f f            r_l(3),h11,h12,h22,h13,h23,h33 (l=2)<br>
>  f    f f f f f f            r_l(4),h11,h12,h22,h13,h23,h33 (l=3)<br>
><br>
> However, when I typed "/pseudo.x -orth -c100 -n600", the program<br>
> crashed with the following messages:<br>
><br>
>  *********************************************<br>
>  ***           pseudo_2.2                  ***<br>
>  ***           fitting of                  ***<br>
>  ***   goedecker type pseudopotentials     ***<br>
>  ***   last changes: 14.7.98               ***<br>
>  *********************************************<br>
><br>
>  orthogonalize the projectors<br>
>          100 fit cycles<br>
>          600 max. simplex iterations<br>
>  ***        Reading data from <a href="http://atom.ae" target="_blank">atom.ae</a>      ***<br>
>  pseudo states =            3<br>
>  znuc          =    6.0000000000000000<br>
>  zpseudo       =    4.0000000000000000<br>
>  r_covalent    =    1.3000000000000000<br>
>  r_confining   =    50.000000000000000<br>
>  ispp          = n<br>
>  icorr         = HCTH407<br>
>  gridpoints    =          477<br>
>   nl    s      occ        eigenvalue     charge(rcov)<br>
>  2s   0.0    2.0000   -0.5169586012    0.4040927822<br>
>  2p   0.0    2.0000   -0.2003521860    0.3587996075<br>
>  3s   0.0    0.0000   -0.0090950680    0.0182791586<br>
>  ***        Quantum numbers        ***<br>
>  AE             <->  PSEUDO<br>
>  n,l(AE):            2           0       n,l(PS):<br>
> 1           0<br>
>  n,l(AE):            2           1       n,l(PS):<br>
> 1           1<br>
>  n,l(AE):            3           0       n,l(PS):<br>
> 2           0<br>
>  ***        Reading data from psp.par<br>
> ***<br>
><br>
>   Initial Pseudpotential Parameter from psp.par<br>
>   ---------------------------------------------<br>
>      1.300    50.000         rcov,rprb<br>
>                              non relativistic calculation<br>
>  HCTH407                     XC-functional<br>
>  local part<br>
>    6.   4.00  0.325  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00<br>
> znuc,zion, rloc, gpot()<br>
>  nonlocal<br>
> part<br>
>    2                                                       lpx,<br>
> (Projectors for l=0..lpx)<br>
>  l=<br>
> 0<br>
>   0.325  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E<br>
> +00  r_l(),hsep(),   so=0<br>
>  l=<br>
> 1<br>
>   0.325  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E<br>
> +00  r_l(),hsep(),   so=0<br>
>  l=<br>
> 2<br>
>   0.325  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E+00  0.000E<br>
> +00  r_l(),hsep(),   so=0<br>
><br>
>  Reading actual weights from file weights.par<br>
><br>
>  Basis:<br>
>  ------<br>
>  amin,a0in,amax 0.1625E+00 0.3250E+00 0.1300E+01<br>
>  gaussian 0.1249E+02 0.8242E+01 0.5438E+01 ....  0.4484E+00 0.2959E+00<br>
>  gaussians:          10<br>
>  r-grid:  0.4063E-03 0.4520E-03 0.5029E-03 ....  0.1079E+03 0.1200E+03<br>
>  gridpoints:         119<br>
>  T T T T T<br>
>  T T T T T T T<br>
>  T T T T T T T<br>
>  F F F F F F F<br>
>  fitting parameter determined by 'FITPAR'<br>
>   l=           0<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(1,2)<br>
>   l=           0<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(1,3)<br>
>   l=           0<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(2,3)<br>
>   l=           1<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(1,2)<br>
>   l=           1<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(1,3)<br>
>   l=           1<br>
>  warning! transformation of hsep(): no fit of h(2,3)<br>
>  fitting parameter:<br>
>  rloc<br>
>  gpot(1)<br>
>  gpot(2)<br>
>  gpot(3)<br>
>  gpot(4)<br>
>  r_l(1)<br>
>  hsep(1,1)<br>
>  hsep(1,3)<br>
>  hsep(1,6)<br>
>  r_l(2)<br>
>  hsep(2,1)<br>
>  hsep(2,3)<br>
>  hsep(2,6)<br>
>  maxdim,nfit:          30          13<br>
>  nfit=          13<br>
>  penalties for start simplex:<br>
> Segmentation fault<br>
><br>
> Can someone tell me what went wrong?<br>
><br>
> Thanks.<br>
><br>
> Hanning<br>
<br>
--<br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>