<br><br><div class="gmail_quote">2009/12/10 Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im">Liu wrote:<br>
> It is a metal-water complex. At that time, I thought it was<br>
> convenient to use MOLECULE keyword. now I saw the restart doesnot work<br>
> (even only with the velocity and position).<br>
</div>I really doubt the accuracy of this statement. If you restart only<br>
velocity and position it will work! The problem is that you probably do<br>
not know how to restart only positions and velocities. The correct<br>
syntax would be:<br>
<br>
&EXT_RESTART<br>
   RESTART_FILE_NAME <my_wonderful_BIG_BANG.restart><br>
   DEFAULT_RESTART   FALSE<br>
   RESTART_POS<br>
   RESTART_VEL<br>
&END<br>
<br>
where the RESTART_DEFAULT is set to FALSE.<br></blockquote><div><br>Already tried with this. got the same error. <br>The head of output is like:<br> *******************************************************************************<br>
 *                            RESTART INFORMATION                              *<br> *******************************************************************************<br> *                                                                             *<br>
 *    RESTART FILE NAME: A-1.restart                                         *<br> *                                                                             *<br> * RESTARTED QUANTITIES:                                                       *<br>
 *                       CELL                                                  *<br> *                       COORDINATES                                           *<br> *                       VELOCITIES                                            *<br>
 *******************************************************************************<br>   |  A constraint has been defined for a molecule type<br>    |  Error in constraints setup!<br>    |   but the atoms specified in the constraint and the atoms defined for<br>
    |  A constraint has been defined for a molecule type<br>    |   the molecule DO NOT match!<br><br><br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div class="im">><br>
> I just tried with INTERMOLECULAR. The restart works!<br>
</div>It works because your colvar are not expected to be on the same molecule.<br>
Your topology is still wrong. If you do a QS run probably (but this is<br>
not always the case) you do not need to specify any<br>
topology. To disable the construction of the connectivity:<br>
<br>
&TOPOLOGY<br>
    CONNECTIVITY OFF<br>
    ...<br>
&END<br>
<div class="im">><br>
> why? and why not for all?<br>
> Because I was lazy.<br>
</div>I would never go to a doctor or a surgeon which is worldwide famous to<br>
be lazy.<br>
I could just not trust his work.<br></blockquote><div><br>Is there something to do with medical science ? Interesting.<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<br>
Teo<br>
<div class="im"><br>
><br>
> 2009/12/10 Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
> <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>>><br>
><br>
>     I see in your coord section you specify  a molname for only few atoms:<br>
>     why? and why not for all?<br>
><br>
>     Liu wrote:<br>
>     > Hi Teo,<br>
>     ><br>
>     > What I want to do is to restrain the 3 colvars to the respective<br>
>     > target values.<br>
>     > So the connectivity does not matter.<br>
>     ><br>
>     > Liu.<br>
>     ><br>
>     > 2009/12/10 Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>><br>
</div><div class="im">>     > <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>>>><br>
>     ><br>
</div><div><div></div><div class="h5">>     >     It is not a matter of using a specific keyword. It is a<br>
>     matter of<br>
>     >     understanding what you are doing.<br>
>     >     If you specify INTERMOLECULAR the topology will still be built:<br>
>     >     you may<br>
>     >     not get that error but the problem is still there.<br>
>     ><br>
>     >     I see in your coord section you specify  a molname for only<br>
>     few atoms:<br>
>     >     why? and why not for all?<br>
>     >     do you wish to have a connectivity built or not?<br>
>     >     do you want to specify a restraint for intermolecular or<br>
>     >     intramolecular ?<br>
>     >     in short words: what do you want to do?<br>
>     ><br>
>     >     Teo<br>
>     ><br>
>     >     Liu wrote:<br>
>     >     ><br>
>     >     > 1) is ruled out. the restraint was there, so the geometry<br>
>     didnot<br>
>     >     explode.<br>
>     >     ><br>
>     >     > 2).INTERMOLECULER<br>
>     >     >  Maybe I should have used this keyword ?<br>
>     >     > So no connectivity was needed any longer .<br>
>     >     ><br>
>     >     > Am I right ?<br>
>     >     ><br>
>     >     > Liu<br>
>     >     ><br>
>     >     > 2009/12/10 Liu <<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a><br>
</div></div>>     <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a>>> <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a>>>>><br>
<div><div></div><div class="h5">>     >     ><br>
>     >     >     Hi Teo,<br>
>     >     ><br>
>     >     >     the input is as follows,<br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     >     &FORCE_EVAL<br>
>     >     >       METHOD Quickstep<br>
>     >     ><br>
>     >     >       &DFT<br>
>     >     >         POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS<br>
>     >     >         BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SETS<br>
>     >     >         CHARGE 2<br>
>     >     >         &MGRID<br>
>     >     >           CUTOFF 320<br>
>     >     >         &END MGRID<br>
>     >     >         &QS<br>
>     >     >          EPS_DEFAULT 1.0E-12<br>
>     >     >         &END QS<br>
>     >     >         &SCF<br>
>     >     >           &OT T<br>
>     >     >            MINIMIZER DIIS<br>
>     >     >           &END OT<br>
>     >     >           EPS_SCF 1.0E-6<br>
>     >     ><br>
>     >     >           SCF_GUESS RESTART<br>
>     >     >           MAX_SCF 110<br>
>     >     >         &END SCF<br>
>     >     >         &XC<br>
>     >     >           &XC_FUNCTIONAL BLYP<br>
>     >     >           &END XC_FUNCTIONAL<br>
>     >     >         &END XC<br>
>     >     >       &END DFT<br>
>     >     >       &SUBSYS<br>
>     >     >         &CELL<br>
>     >     >           ABC 10.50 10.50 10.50<br>
>     >     >           ALPHA_BETA_GAMMA 90.0000 90.0000 90.0000<br>
>     >     >         &END CELL<br>
>     >     ><br>
>     >     >          &COLVAR<br>
>     >     >           &DISTANCE<br>
>     >     >            ATOMS 13 1<br>
>     >     >           &END DISTANCE<br>
>     >     >          &END COLVAR<br>
>     >     >          &COLVAR<br>
>     >     >           &ANGLE<br>
>     >     >            ATOMS 13 1 14<br>
>     >     >           &END ANGLE<br>
>     >     >          &END COLVAR<br>
>     >     >          &COLVAR<br>
>     >     >           &ANGLE<br>
>     >     >            ATOMS 13 1 19<br>
>     >     >           &END ANGLE<br>
>     >     >          &END COLVAR<br>
>     >     >         &COORD<br>
>     >     >      O      4.945624262365      5.235220805899<br>
>     >      8.003244927409 mol<br>
>     >     >      O      4.007891695360      3.552175895176<br>
>     >      5.977360545441 mol<br>
>     >     >      O      2.285433270467      5.417764639023<br>
>     >      6.897323134184 mol<br>
>     >     >      O      5.936765184537      5.829000559392<br>
>     >      5.593775858772 mol<br>
>     >     >      O      4.183440185942      7.470635689797<br>
>     >      6.674994934445 mol<br>
>     >     >      O      3.439793446681      5.742570923209<br>
>     >      4.488746955268 mol<br>
>     >     >      H      1.793348652560      4.673685333363<br>
>     >      6.448632172866 mol<br>
>     >     >      H      1.975552174635      5.586491381857<br>
>     >      7.823579691797 mol<br>
>     >     >      H      6.341196051434      6.210453911837<br>
>     >      4.735768436262 mol<br>
>     >     >      H      6.691670293500      5.986498079468<br>
>     >      6.262057248960 mol<br>
>     >     >      H      3.355172624465      7.888242164427<br>
>     >      6.980928704617 mol<br>
>     >     >      H      4.800145134415      8.144564641311<br>
>     >      6.279932035506 mol<br>
>     >     >      H1     5.024438896426      4.333073695541<br>
>     >      8.420372999423 mol<br>
>     >     >      H      5.417966958607      5.879810696856<br>
>     >      8.656369353769 mol<br>
>     >     >      H      4.044612590192      5.703785764108<br>
>     >      3.692496314811 mol<br>
>     >     >      H      2.635152794031      6.238242225502<br>
>     >      4.179846355098 mol<br>
>     >     >      H      4.789074411431      2.978145753930<br>
>     >      6.248397019420 mol<br>
>     >     >      H      3.308516986446      3.025660313636<br>
>     >      5.420256518302 mol<br>
>     >     >      Al      4.199165250044      5.577278113875<br>
>      6.261316460312<br>
>     >     >     mol<br>
>     >     >      O      1.929962666627      2.386347797671<br>
>      4.459074121571<br>
>     >     >      O      1.952979070957      0.358546555482<br>
>      9.269519490418<br>
>     >     >      O      0.026958456120      2.197269503272<br>
>      8.735038598236<br>
>     >     >      O     -1.362279675283      6.955540825025<br>
>      1.744054996031<br>
>     >     >      O     -2.899500082333      1.789177922013<br>
>      2.425421734762<br>
>     >     >      O     -2.274297024247      5.797133615346<br>
>      7.045592606844<br>
>     >     >      O      1.445305003994      7.051219378572<br>
>      3.715192156899<br>
>     >     >      O      0.940001451447      4.990446887363<br>
>      9.698689854397<br>
>     >     >      O      0.031348798328     11.381839465447<br>
>      1.904616048439<br>
>     >     >      O     -3.581560970691      9.411668100190<br>
>     12.775652442937<br>
>     >     >      O     -1.647961298578      9.922630983793<br>
>      8.321980647542<br>
>     >     >      O      0.106325557834     -1.237262561258<br>
>      0.213551451909<br>
>     >     >      O      4.599334494386      0.610540436556<br>
>      2.704211560407<br>
>     >     >      O      6.110865497086      2.836144155293<br>
>      9.037244996699<br>
>     >     >      O      8.444963101791     12.757951977677<br>
>      5.545652221781<br>
>     >     >      O      4.717343810939      5.987976596723<br>
>      1.780097066543<br>
>     >     >      O      6.784715588065      6.889213503169<br>
>      3.276373325092<br>
>     >     >      O      0.383247580198     14.072985902428<br>
>      6.230493216461<br>
>     >     >      O      3.234318655214      3.857825154773<br>
>      0.818868910110<br>
>     >     >      O      1.963164530700      8.951099554455<br>
>      7.068571426781<br>
>     >     >      O      6.144029555568      6.796223574397<br>
>      9.580179213359<br>
>     >     >      O      8.048882212076      9.883185225311<br>
>      4.810587174940<br>
>     >     >      O      2.473675663501     10.303668237070<br>
>      4.613284200787<br>
>     >     >      O      3.999780862821      1.198425534797<br>
>      0.139239985704<br>
>     >     >      O      5.918103249911      1.825332131822<br>
>      6.347934161668<br>
>     >     >      O      5.870936669144     -0.907093857702<br>
>      6.224645660032<br>
>     >     >      O      8.497631912579      3.194191743002<br>
>     -0.218198563998<br>
>     >     >      O     10.562268276538      4.605445613458<br>
>      2.706189110743<br>
>     >     >      O      9.937102032317      8.200210165838<br>
>      6.102555829864<br>
>     >     >      O      8.599241385563      5.812668445953<br>
>      9.929894326533<br>
>     >     >      O      2.711405118216      8.000171931520<br>
>     11.614265439006<br>
>     >     >      O      6.448641165374      9.853545022641<br>
>     10.091854412172<br>
>     >     >      H      2.094505467531      1.370769732124<br>
>      4.450185540604<br>
>     >     >      H      1.766899467254      2.576096119515<br>
>      3.490475988652<br>
>     >     >      H      1.282647036726     -0.136316253288<br>
>      9.811359473370<br>
>     >     >      H      2.655785237669      0.719499451687<br>
>      9.879362070408<br>
>     >     >      H     -0.608993486319      2.410722591791<br>
>      9.424195138941<br>
>     >     >      H      0.567781798217      1.367820187953<br>
>      8.901435796804<br>
>     >     >      H     -0.746695201051      7.579922756681<br>
>      1.272004746797<br>
>     >     >      H     -0.756268349803      6.209154398982<br>
>      2.121980920129<br>
>     >     >      H     -2.895078695179      0.880540905683<br>
>      2.018484814746<br>
>     >     >      H     -3.812114079147      1.945095390040<br>
>      2.723542853332<br>
>     >     >      H     -1.450477955480      5.414594613020<br>
>      6.547688311675<br>
>     >     >      H     -2.100265303911      5.762411444564<br>
>      7.988207299506<br>
>     >     >      H      0.856199581228      7.443072324347<br>
>      4.447509731648<br>
>     >     >      H      1.683787441702      7.732202944333<br>
>      3.062648462236<br>
>     >     >      H      0.914577100384      3.982820700161<br>
>      9.483944679985<br>
>     >     >      H     -0.013545868383      5.297204143626<br>
>      9.652724302908<br>
>     >     >      H      0.842855940551     11.867508142867<br>
>      1.624433490893<br>
>     >     >      H     -0.554679549011     12.094267611684<br>
>      2.329428790545<br>
>     >     >      H     -3.648772260742      9.475561082667<br>
>     11.749156370492<br>
>     >     >      H     -3.946707998081      8.505718208125<br>
>     13.033750646306<br>
>     >     >      H     -1.349673886536     10.831974112009<br>
>      7.968158045454<br>
>     >     >      H     -1.467941976087      9.098874977651<br>
>      7.662349937164<br>
>     >     >      H     -0.157891145685     -0.548152766129<br>
>      0.913773510052<br>
>     >     >      H     -0.486176442427     -1.036451242486<br>
>     -0.545737942048<br>
>     >     >      H      5.285066261429     -0.057476231123<br>
>      2.694625810112<br>
>     >     >      H      4.079966836623      0.551927307125<br>
>      3.573612525248<br>
>     >     >      H      6.015753238192      2.297712230229<br>
>      8.175869506495<br>
>     >     >      H      5.470262328903      2.382741162434<br>
>      9.713210640781<br>
>     >     >      H      9.282217259184     13.252061003334<br>
>      5.800368726315<br>
>     >     >      H      8.310801713089     13.069470210375<br>
>      4.633682212258<br>
>     >     >      H      4.392983089723      5.075736957232<br>
>      1.274546475430<br>
>     >     >      H      3.981000248919      6.671489138137<br>
>      1.565186021664<br>
>     >     >      H      7.666107418592      6.715687507639<br>
>      2.810668805098<br>
>     >     >      H      6.049329065526      6.466893192597<br>
>      2.736263305956<br>
>     >     >      H      0.792787273346     13.490990322042<br>
>      5.543123131905<br>
>     >     >      H      0.418620204652     13.482889458348<br>
>      7.083779005514<br>
>     >     >      H      2.540452439292      4.509285556271<br>
>      0.546998335709<br>
>     >     >      H      3.399993082999      3.414505470904<br>
>     -0.002840227708<br>
>     >     >      H      1.032218251313      8.673654190202<br>
>      7.041983379026<br>
>     >     >      H      2.094522687566      9.533513585930<br>
>      7.911335251137<br>
>     >     >      H      5.836279591854      6.578895551319<br>
>     10.522628960955<br>
>     >     >      H      7.128416505935      6.551955664875<br>
>      9.651665340638<br>
>     >     >      H      8.334130619874     10.823573762782<br>
>      5.138777207840<br>
>     >     >      H      7.835191538334     10.053541130268<br>
>      3.845182999807<br>
>     >     >      H      2.002893030136      9.680973570920<br>
>      4.067457026619<br>
>     >     >      H      2.302316195807     10.008164610561<br>
>      5.548627414794<br>
>     >     >      H      4.271980573949      1.089340786239<br>
>      1.114383694195<br>
>     >     >      H      4.742087428870      0.658613977652<br>
>     -0.337748849214<br>
>     >     >      H      5.834805046820      0.889378508637<br>
>      6.043605489317<br>
>     >     >      H      6.885651604423      2.000027177721<br>
>      6.057665925746<br>
>     >     >      H      6.514304273259     -0.920000002808<br>
>      6.971136480943<br>
>     >     >      H      6.480216340233     -0.978037422098<br>
>      5.424181543392<br>
>     >     >      H      7.718541069821      3.011662500946<br>
>     -0.863906539993<br>
>     >     >      H      8.130716210257      2.931264814758<br>
>      0.649970337419<br>
>     >     >      H     11.396873489626      5.053367889582<br>
>      2.899398079628<br>
>     >     >      H     10.639341197546      4.446886981342<br>
>      1.681298091029<br>
>     >     >      H      9.275748751503      8.741134402620<br>
>      5.594644857244<br>
>     >     >      H      9.508184542015      7.278563165823<br>
>      6.211855784019<br>
>     >     >      H      8.456691240675      4.796394786938<br>
>     10.089977970213<br>
>     >     >      H      8.591160601702      6.196940377323<br>
>     10.904893066768<br>
>     >     >      H      1.850384315640      7.951775925152<br>
>     11.140192575907<br>
>     >     >      H      2.859191674027      8.984887322643<br>
>     11.845765015442<br>
>     >     >      H      6.092174319778      8.925042319655<br>
>      9.772217739704<br>
>     >     >      H      7.222986151208      9.962961083214<br>
>      9.512548867753<br>
>     >     >         &END COORD<br>
>     >     >         &KIND H<br>
>     >     >           BASIS_SET TZV2P-GTH<br>
>     >     >           POTENTIAL GTH-BLYP-q1<br>
>     >     >         &END KIND<br>
>     >     >         &KIND H1<br>
>     >     >           BASIS_SET NONE<br>
>     >     >           POTENTIAL GTH-BLYP-q1<br>
>     >     >           GHOST<br>
>     >     >         &END KIND<br>
>     >     >         &KIND O<br>
>     >     >           BASIS_SET TZV2P-GTH<br>
>     >     >           POTENTIAL GTH-BLYP-q6<br>
>     >     >         &END KIND<br>
>     >     >         &KIND Al<br>
>     >     >           BASIS_SET DZVP-GTH<br>
>     >     >           POTENTIAL GTH-BLYP-q3<br>
>     >     >         &END KIND<br>
>     >     ><br>
>     >     >       &END SUBSYS<br>
>     >     >     &END FORCE_EVAL<br>
>     >     >     &GLOBAL<br>
>     >     ><br>
>     >     >       PROJECT A<br>
>     >     >       RUN_TYPE MD<br>
>     >     >       PRINT_LEVEL MEDIUM<br>
>     >     >       &PRINT<br>
>     >     >        &EACH<br>
>     >     ><br>
>     >     >        &END EACH<br>
>     >     >       &END PRINT<br>
>     >     >     &END GLOBAL<br>
>     >     >     &MOTION<br>
>     >     ><br>
>     >     >        &CONSTRAINT<br>
>     >     >          &COLLECTIVE<br>
>     >     >            TARGET   1.89<br>
>     >     >            MOLECULE 1<br>
>     >     >            COLVAR 1<br>
>     >     >            &RESTRAINT<br>
>     >     >             k 0.1<br>
>     >     >            &END RESTRAINT<br>
>     >     >          &END COLLECTIVE<br>
>     >     >          &COLLECTIVE<br>
>     >     >            TARGET   1.869<br>
>     >     >            MOLECULE 1<br>
>     >     >            COLVAR 2<br>
>     >     >            &RESTRAINT<br>
>     >     >             k 0.1<br>
>     >     >            &END RESTRAINT<br>
>     >     >          &END COLLECTIVE<br>
>     >     >          &COLLECTIVE<br>
>     >     >            TARGET 2.1457<br>
>     >     >            MOLECULE 1<br>
>     >     >            COLVAR 3<br>
>     >     >            &RESTRAINT<br>
>     >     >             k 0.1<br>
>     >     >            &END RESTRAINT<br>
>     >     >          &END COLLECTIVE<br>
>     >     >       &END CONSTRAINT<br>
>     >     >       &MD<br>
>     >     >         ENSEMBLE NVT<br>
>     >     >         STEPS 50000<br>
>     >     >         TIMESTEP 0.5<br>
>     >     >         TEMPERATURE 330.0<br>
>     >     ><br>
>     >     >         &THERMOSTAT<br>
>     >     >           &NOSE<br>
>     >     >             LENGTH 3<br>
>     >     >             YOSHIDA 3<br>
>     >     >             TIMECON 1000.0<br>
>     >     >             MTS 2<br>
>     >     >           &END NOSE<br>
>     >     >         &END THERMOSTAT<br>
>     >     >       &END MD<br>
>     >     ><br>
>     >     >       &PRINT<br>
>     >     >        &TRAJECTORY<br>
>     >     >          &EACH<br>
>     >     >           MD 20<br>
>     >     >          &END EACH<br>
>     >     >        &END TRAJECTORY<br>
>     >     >       &END PRINT<br>
>     >     ><br>
>     >     >     &END MOTION<br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     >     could you please give some further comment on this ?<br>
>     >     ><br>
>     >     >     Thanks for your help<br>
>     >     ><br>
>     >     >     Liu<br>
>     >     ><br>
>     >     >     2009/12/10 Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>>><br>
>     >     >     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>>>>><br>
>     >     ><br>
>     >     >         Basically this issue has many different sources.<br>
>     The two<br>
>     >     most<br>
>     >     >         important:<br>
>     >     ><br>
>     >     >         -) The first problem is that you should seriously<br>
>     think<br>
>     >     if you<br>
>     >     >         want<br>
>     >     >         help: in this case next time I would recommend to<br>
>     send the<br>
>     >     >         entire input<br>
>     >     >         file and not just pieces of it.<br>
>     >     ><br>
>     >     >         -) The second problem is that CP2K has not a<br>
>     manual: it is<br>
>     >     >         difficult to<br>
>     >     >         learn but we do provide (for extremely motivated<br>
>     people)<br>
>     >     quite<br>
>     >     >         a big<br>
>     >     >         number of working input files, which cover most of its<br>
>     >     >         functionalities.<br>
>     >     >         It would be ideal that before mixing keywords and<br>
>     >     subsections<br>
>     >     >         you would<br>
>     >     >         train yourself trying first to understand (on your<br>
>     own) what<br>
>     >     >         is the<br>
>     >     >         logic of the code.<br>
>     >     ><br>
>     >     >         Having said that, based on the minimal amount of<br>
>     information<br>
>     >     >         you sent<br>
>     >     >         us, I can try to guess:<br>
>     >     ><br>
>     >     >         1) probably  you ask cp2k to build the topology.<br>
>     At the<br>
>     >     >         beginning the<br>
>     >     >         geometry is reasonable and cp2k is able to build a<br>
>     correct<br>
>     >     >         connectivity.<br>
>     >     >         When you restart (connectivity is not<br>
>     restartable!) cp2k<br>
>     >     >         builds a new<br>
>     >     >         connectivity and very probably your input<br>
>     >     >         file is so well tuned that the system just<br>
>     explodes -> new<br>
>     >     >         connectivity<br>
>     >     >         is a mess -> the intramolecular constraint cannot be<br>
>     >     applied (your<br>
>     >     >         restratins is intramolecular!!)<br>
>     >     ><br>
>     >     >         2) with the restraint setup below (the only piece<br>
>     you have<br>
>     >     >         sent) you are<br>
>     >     >         specifying the same restraint for all molecular<br>
>     types 1. if<br>
>     >     >         you want to<br>
>     >     >         apply just 1 restraint (between two atoms not<br>
>     belonging<br>
>     >     to the<br>
>     >     >         same<br>
>     >     >         molecule) there is a keyword to be specified:<br>
>     >     ><br>
>     ><br>
>     <a href="http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html#desc_INTERMOLECULAR" target="_blank">http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html#desc_INTERMOLECULAR</a><br>

>     >     ><br>
>     >     >         3) if you really want to have the same restraint<br>
>     appled<br>
>     >     to all<br>
>     >     >         molecular<br>
>     >     >         types 1 then I would recommend you to have a<br>
>     topology file.<br>
>     >     >         This will<br>
>     >     >         guarantee that even if you are trying to simulate<br>
>     the "big<br>
>     >     >         bang" the<br>
>     >     >         specification of molecular connectivity will not<br>
>     depend<br>
>     >     on how<br>
>     >     >         far are<br>
>     >     >         the atoms.<br>
>     >     ><br>
>     >     >         4) if you don't need the connectivity (because<br>
>     your goal<br>
>     >     is to<br>
>     >     >         model<br>
>     >     >         some explosion [for example..]) then just disable the<br>
>     >     >         generation of the<br>
>     >     >         connectivity.<br>
>     >     ><br>
>     >     >         Since the possible sources are many (because mainly we<br>
>     >     cannot<br>
>     >     >         understand<br>
>     >     >         what you really want to do!) I would suggest you :<br>
>     take your<br>
>     >     >         time, think<br>
>     >     >         what you want to do with cp2k and your present run.<br>
>     >     ><br>
>     >     >         Teo<br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     >         Liu wrote:<br>
>     >     >         > Hi all,<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > I used the following COLVAR and CONSTRAINT to do<br>
>     a MD run<br>
>     >     >         and it goes<br>
>     >     >         > well.<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         >      &COLVAR<br>
>     >     >         >       &DISTANCE<br>
>     >     >         >        ATOMS 13 1<br>
>     >     >         >       &END DISTANCE<br>
>     >     >         >      &END COLVAR<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         >    &CONSTRAINT<br>
>     >     >         >      &COLLECTIVE<br>
>     >     >         >        TARGET   1.89<br>
>     >     >         >        MOLECULE 1<br>
>     >     >         >        COLVAR 1<br>
>     >     >         >        &RESTRAINT<br>
>     >     >         >         k 0.1<br>
>     >     >         >        &END RESTRAINT<br>
>     >     >         >      &END COLLECTIVE<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         >   &END CONSTRAINT<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > When I added this:<br>
>     >     >         > &EXT_RESTART<br>
>     >     >         >  RESTART_FILE_NAME A-1.restart<br>
>     >     >         >  RESTART_DEFAULT TRUE<br>
>     >     >         > &END EXT_RESTART<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > the error happened:<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         >     |  Error in constraints setup!<br>
>     >     >         >     |  A constraint has been defined for a<br>
>     molecule type<br>
>     >     >         >     |   but the atoms specified in the<br>
>     constraint and<br>
>     >     the a    |<br>
>     >     >         > Error in constraints setup!<br>
>     >     >         >     |  A constraint has been defined for a<br>
>     molecule type<br>
>     >     >         >     |   but the atoms specified in the<br>
>     constraint and<br>
>     >     the atoms<br>
>     >     >         > defined for<br>
>     >     >         >     |   the molecule DO NOT match!<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > Any suggestion is appreciated !<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > cheers,<br>
>     >     >         > Liu<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > --<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         > You received this message because you are subscribed<br>
>     >     to the<br>
>     >     >         Google Groups "cp2k" group.<br>
>     >     >         > To post to this group, send email to<br>
>     >     <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>><br>
>     >     >         <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
</div></div>>     >     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>>>.<br>
<div class="im">>     >     >         > To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     >     >         <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>>><br>
>     >     >         <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a><br>
</div>>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%2525252...@googlegroups.com">cp2k%25252B...@googlegroups.com</a>>>>.<br>
<div class="im">>     >     >         > For more options, visit this group at<br>
>     >     >         <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         ><br>
>     >     >         ><br>
>     >     ><br>
>     >     >         --<br>
>     >     ><br>
>     >     >         You received this message because you are<br>
>     subscribed to the<br>
>     >     >         Google Groups "cp2k" group.<br>
>     >     >         To post to this group, send email to<br>
>     >     <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>><br>
</div><div class="im">>     >     >         <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
</div>>     >     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>>>.<br>
<div class="im">>     >     >         To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     >     >         <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>>><br>
>     >     >         <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a><br>
</div>>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%2525252...@googlegroups.com">cp2k%25252B...@googlegroups.com</a>>>>.<br>
<div><div></div><div class="h5">>     >     >         For more options, visit this group at<br>
>     >     >         <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     ><br>
>     >     > --<br>
>     >     ><br>
>     >     > You received this message because you are subscribed to<br>
>     the Google<br>
>     >     > Groups "cp2k" group.<br>
>     >     > To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>>.<br>
>     >     > To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     >     > <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>>>.<br>
>     >     > For more options, visit this group at<br>
>     >     > <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
>     ><br>
>     >     --<br>
>     ><br>
>     >     You received this message because you are subscribed to the<br>
>     Google<br>
>     >     Groups "cp2k" group.<br>
>     >     To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a> <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>>.<br>
>     >     To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     >     <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>><br>
>     >     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%25252B...@googlegroups.com">cp2k%252Bu...@googlegroups.com</a>>>.<br>
>     >     For more options, visit this group at<br>
>     >     <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     ><br>
>     > --<br>
>     ><br>
>     > You received this message because you are subscribed to the Google<br>
>     > Groups "cp2k" group.<br>
>     > To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>.<br>
>     > To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     > <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>>.<br>
>     > For more options, visit this group at<br>
>     > <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
><br>
>     --<br>
><br>
>     You received this message because you are subscribed to the Google<br>
>     Groups "cp2k" group.<br>
>     To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>>.<br>
>     To unsubscribe from this group, send email to<br>
>     <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:cp2k%252Bu...@googlegroups.com">cp2k%2Bun...@googlegroups.com</a>>.<br>
>     For more options, visit this group at<br>
>     <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
> You received this message because you are subscribed to the Google<br>
> Groups "cp2k" group.<br>
> To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
> To unsubscribe from this group, send email to<br>
> <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
> For more options, visit this group at<br>
> <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
--<br>
<br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>