<br>1) is ruled out. the restraint was there, so the geometry didnot explode.<br><br>2).INTERMOLECULER<br> Maybe I should have used this keyword ?<br>So no connectivity was needed any longer .<br><br>Am I right ?<br><br>Liu<br>
<br><div class="gmail_quote">2009/12/10 Liu <span dir="ltr"><<a href="mailto:xiand...@gmail.com">xiand...@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Teo,<br><br>the input is as follows,<br><br><br>&FORCE_EVAL<br>  METHOD Quickstep<br><br>  &DFT<br>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS<br>    BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SETS<br>    CHARGE 2<br>    &MGRID<br>

      CUTOFF 320<br>    &END MGRID<br>    &QS<br>     EPS_DEFAULT 1.0E-12<br>    &END QS<br>    &SCF<br>      &OT T<br>       MINIMIZER DIIS<br>      &END OT<br>      EPS_SCF 1.0E-6<br>      <br>      SCF_GUESS RESTART<br>

      MAX_SCF 110<br>    &END SCF<br>    &XC<br>      &XC_FUNCTIONAL BLYP<br>      &END XC_FUNCTIONAL<br>    &END XC<br>  &END DFT<br>  &SUBSYS<br>    &CELL<br>      ABC 10.50 10.50 10.50   <br>

      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0000 90.0000 90.0000<br>    &END CELL<div class="im"><br>     &COLVAR<br>      &DISTANCE<br>       ATOMS 13 1      <br>      &END DISTANCE<br>     &END COLVAR<br></div>     &COLVAR<br>
      &ANGLE                                         <br>
       ATOMS 13 1 14          <br>      &END ANGLE             <br>     &END COLVAR<br>     &COLVAR<br>      &ANGLE                                         <br>       ATOMS 13 1 19      <br>      &END ANGLE            <br>

     &END COLVAR<br>    &COORD                                           <br> O      4.945624262365      5.235220805899      8.003244927409 mol<br> O      4.007891695360      3.552175895176      5.977360545441 mol<br>

 O      2.285433270467      5.417764639023      6.897323134184 mol<br> O      5.936765184537      5.829000559392      5.593775858772 mol<br> O      4.183440185942      7.470635689797      6.674994934445 mol<br> O      3.439793446681      5.742570923209      4.488746955268 mol<br>

 H      1.793348652560      4.673685333363      6.448632172866 mol<br> H      1.975552174635      5.586491381857      7.823579691797 mol<br> H      6.341196051434      6.210453911837      4.735768436262 mol<br> H      6.691670293500      5.986498079468      6.262057248960 mol<br>

 H      3.355172624465      7.888242164427      6.980928704617 mol<br> H      4.800145134415      8.144564641311      6.279932035506 mol<br> H1     5.024438896426      4.333073695541      8.420372999423 mol<br> H      5.417966958607      5.879810696856      8.656369353769 mol<br>

 H      4.044612590192      5.703785764108      3.692496314811 mol<br> H      2.635152794031      6.238242225502      4.179846355098 mol<br> H      4.789074411431      2.978145753930      6.248397019420 mol<br> H      3.308516986446      3.025660313636      5.420256518302 mol<br>

 Al      4.199165250044      5.577278113875      6.261316460312  mol        <br> O      1.929962666627      2.386347797671      4.459074121571<br> O      1.952979070957      0.358546555482      9.269519490418<br> O      0.026958456120      2.197269503272      8.735038598236<br>

 O     -1.362279675283      6.955540825025      1.744054996031<br> O     -2.899500082333      1.789177922013      2.425421734762<br> O     -2.274297024247      5.797133615346      7.045592606844<br> O      1.445305003994      7.051219378572      3.715192156899<br>

 O      0.940001451447      4.990446887363      9.698689854397<br> O      0.031348798328     11.381839465447      1.904616048439<br> O     -3.581560970691      9.411668100190     12.775652442937<br> O     -1.647961298578      9.922630983793      8.321980647542<br>

 O      0.106325557834     -1.237262561258      0.213551451909<br> O      4.599334494386      0.610540436556      2.704211560407<br> O      6.110865497086      2.836144155293      9.037244996699<br> O      8.444963101791     12.757951977677      5.545652221781<br>

 O      4.717343810939      5.987976596723      1.780097066543<br> O      6.784715588065      6.889213503169      3.276373325092<br> O      0.383247580198     14.072985902428      6.230493216461<br> O      3.234318655214      3.857825154773      0.818868910110<br>

 O      1.963164530700      8.951099554455      7.068571426781<br> O      6.144029555568      6.796223574397      9.580179213359<br> O      8.048882212076      9.883185225311      4.810587174940<br> O      2.473675663501     10.303668237070      4.613284200787<br>

 O      3.999780862821      1.198425534797      0.139239985704<br> O      5.918103249911      1.825332131822      6.347934161668<br> O      5.870936669144     -0.907093857702      6.224645660032<br> O      8.497631912579      3.194191743002     -0.218198563998<br>

 O     10.562268276538      4.605445613458      2.706189110743<br> O      9.937102032317      8.200210165838      6.102555829864<br> O      8.599241385563      5.812668445953      9.929894326533<br> O      2.711405118216      8.000171931520     11.614265439006<br>

 O      6.448641165374      9.853545022641     10.091854412172<br> H      2.094505467531      1.370769732124      4.450185540604<br> H      1.766899467254      2.576096119515      3.490475988652<br> H      1.282647036726     -0.136316253288      9.811359473370<br>

 H      2.655785237669      0.719499451687      9.879362070408<br> H     -0.608993486319      2.410722591791      9.424195138941<br> H      0.567781798217      1.367820187953      8.901435796804<br> H     -0.746695201051      7.579922756681      1.272004746797<br>

 H     -0.756268349803      6.209154398982      2.121980920129<br> H     -2.895078695179      0.880540905683      2.018484814746<br> H     -3.812114079147      1.945095390040      2.723542853332<br> H     -1.450477955480      5.414594613020      6.547688311675<br>

 H     -2.100265303911      5.762411444564      7.988207299506<br> H      0.856199581228      7.443072324347      4.447509731648<br> H      1.683787441702      7.732202944333      3.062648462236<br> H      0.914577100384      3.982820700161      9.483944679985<br>

 H     -0.013545868383      5.297204143626      9.652724302908<br> H      0.842855940551     11.867508142867      1.624433490893<br> H     -0.554679549011     12.094267611684      2.329428790545<br> H     -3.648772260742      9.475561082667     11.749156370492<br>

 H     -3.946707998081      8.505718208125     13.033750646306<br> H     -1.349673886536     10.831974112009      7.968158045454<br> H     -1.467941976087      9.098874977651      7.662349937164<br> H     -0.157891145685     -0.548152766129      0.913773510052<br>

 H     -0.486176442427     -1.036451242486     -0.545737942048<br> H      5.285066261429     -0.057476231123      2.694625810112<br> H      4.079966836623      0.551927307125      3.573612525248<br> H      6.015753238192      2.297712230229      8.175869506495<br>

 H      5.470262328903      2.382741162434      9.713210640781<br> H      9.282217259184     13.252061003334      5.800368726315<br> H      8.310801713089     13.069470210375      4.633682212258<br> H      4.392983089723      5.075736957232      1.274546475430<br>

 H      3.981000248919      6.671489138137      1.565186021664<br> H      7.666107418592      6.715687507639      2.810668805098<br> H      6.049329065526      6.466893192597      2.736263305956<br> H      0.792787273346     13.490990322042      5.543123131905<br>

 H      0.418620204652     13.482889458348      7.083779005514<br> H      2.540452439292      4.509285556271      0.546998335709<br> H      3.399993082999      3.414505470904     -0.002840227708<br> H      1.032218251313      8.673654190202      7.041983379026<br>

 H      2.094522687566      9.533513585930      7.911335251137<br> H      5.836279591854      6.578895551319     10.522628960955<br> H      7.128416505935      6.551955664875      9.651665340638<br> H      8.334130619874     10.823573762782      5.138777207840<br>

 H      7.835191538334     10.053541130268      3.845182999807<br> H      2.002893030136      9.680973570920      4.067457026619<br> H      2.302316195807     10.008164610561      5.548627414794<br> H      4.271980573949      1.089340786239      1.114383694195<br>

 H      4.742087428870      0.658613977652     -0.337748849214<br> H      5.834805046820      0.889378508637      6.043605489317<br> H      6.885651604423      2.000027177721      6.057665925746<br> H      6.514304273259     -0.920000002808      6.971136480943<br>

 H      6.480216340233     -0.978037422098      5.424181543392<br> H      7.718541069821      3.011662500946     -0.863906539993<br> H      8.130716210257      2.931264814758      0.649970337419<br> H     11.396873489626      5.053367889582      2.899398079628<br>

 H     10.639341197546      4.446886981342      1.681298091029<br> H      9.275748751503      8.741134402620      5.594644857244<br> H      9.508184542015      7.278563165823      6.211855784019<br> H      8.456691240675      4.796394786938     10.089977970213<br>

 H      8.591160601702      6.196940377323     10.904893066768<br> H      1.850384315640      7.951775925152     11.140192575907<br> H      2.859191674027      8.984887322643     11.845765015442<br> H      6.092174319778      8.925042319655      9.772217739704<br>

 H      7.222986151208      9.962961083214      9.512548867753<br>    &END COORD <br>    &KIND H                                                 <br>      BASIS_SET TZV2P-GTH                               <br>      POTENTIAL GTH-BLYP-q1   <br>

    &END KIND                                               <br>    &KIND H1                                                 <br>      BASIS_SET NONE                                    <br>      POTENTIAL GTH-BLYP-q1   <br>

      GHOST <br>    &END KIND   <br>    &KIND O                                                 <br>      BASIS_SET TZV2P-GTH                               <br>      POTENTIAL GTH-BLYP-q6                                 <br>

    &END KIND <br>    &KIND Al                                                 <br>      BASIS_SET DZVP-GTH                               <br>      POTENTIAL GTH-BLYP-q3                                 <br>    &END KIND<br>

                              <br>  &END SUBSYS<br>&END FORCE_EVAL<br>&GLOBAL<br><br>  PROJECT A<br>  RUN_TYPE MD<br>  PRINT_LEVEL MEDIUM<br>  &PRINT<br>   &EACH<br>    <br>   &END EACH<br>  &END PRINT<br>

&END GLOBAL<br>&MOTION<div class="im"><br>   &CONSTRAINT  <br>     &COLLECTIVE<br>       TARGET   1.89       <br>       MOLECULE 1<br>       COLVAR 1<br>       &RESTRAINT<br>        k 0.1 <br>       &END RESTRAINT<br>

     &END COLLECTIVE<br></div>     &COLLECTIVE<br>       TARGET   1.869 <br><div class="im">       MOLECULE 1<br>       COLVAR 2<br>       &RESTRAINT<br>        k 0.1<br>       &END RESTRAINT<br>     &END COLLECTIVE<br>
</div>     &COLLECTIVE<br>
       TARGET 2.1457     <br><div class="im">       MOLECULE 1<br>       COLVAR 3<br>       &RESTRAINT<br>        k 0.1<br>       &END RESTRAINT<br>     &END COLLECTIVE<br>  &END CONSTRAINT<br></div>  &MD  <br>
    ENSEMBLE NVT<br>
    STEPS 50000<br>    TIMESTEP 0.5<br>    TEMPERATURE 330.0<br>    <br>    &THERMOSTAT<br>      &NOSE<br>        LENGTH 3<br>        YOSHIDA 3<br>        TIMECON 1000.0<br>        MTS 2<br>      &END NOSE<br>

    &END THERMOSTAT<br>  &END MD<br>  <br>  &PRINT<br>   &TRAJECTORY<br>     &EACH<br>      MD 20<br>     &END EACH<br>   &END TRAJECTORY  <br>  &END PRINT<br>    <br>&END MOTION<br><br>

<br>could you please give some further comment on this ?<br><br>Thanks for your help<br><br>Liu<br><br><div class="gmail_quote">2009/12/10 Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>></span><div>
<div></div><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Basically this issue has many different sources. The two most important:<br>
<br>
-) The first problem is that you should seriously think if you want<br>
help: in this case next time I would recommend to send the entire input<br>
file and not just pieces of it.<br>
<br>
-) The second problem is that CP2K has not a manual: it is difficult to<br>
learn but we do provide (for extremely motivated people) quite a big<br>
number of working input files, which cover most of its functionalities.<br>
It would be ideal that before mixing keywords and subsections you would<br>
train yourself trying first to understand (on your own) what is the<br>
logic of the code.<br>
<br>
Having said that, based on the minimal amount of information you sent<br>
us, I can try to guess:<br>
<br>
1) probably  you ask cp2k to build the topology. At the beginning the<br>
geometry is reasonable and cp2k is able to build a correct connectivity.<br>
When you restart (connectivity is not restartable!) cp2k builds a new<br>
connectivity and very probably your input<br>
file is so well tuned that the system just explodes -> new connectivity<br>
is a mess -> the intramolecular constraint cannot be applied (your<br>
restratins is intramolecular!!)<br>
<br>
2) with the restraint setup below (the only piece you have sent) you are<br>
specifying the same restraint for all molecular types 1. if you want to<br>
apply just 1 restraint (between two atoms not belonging to the same<br>
molecule) there is a keyword to be specified:<br>
<a href="http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html#desc_INTERMOLECULAR" target="_blank">http://cp2k.berlios.de/manual/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html#desc_INTERMOLECULAR</a><br>


<br>
3) if you really want to have the same restraint appled to all molecular<br>
types 1 then I would recommend you to have a topology file. This will<br>
guarantee that even if you are trying to simulate the "big bang" the<br>
specification of molecular connectivity will not depend on how far are<br>
the atoms.<br>
<br>
4) if you don't need the connectivity (because your goal is to model<br>
some explosion [for example..]) then just disable the generation of the<br>
connectivity.<br>
<br>
Since the possible sources are many (because mainly we cannot understand<br>
what you really want to do!) I would suggest you : take your time, think<br>
what you want to do with cp2k and your present run.<br>
<br>
Teo<br>
<div><div></div><div><br>
<br>
Liu wrote:<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I used the following COLVAR and CONSTRAINT to do a MD run and it goes<br>
> well.<br>
><br>
>      &COLVAR<br>
>       &DISTANCE<br>
>        ATOMS 13 1<br>
>       &END DISTANCE<br>
>      &END COLVAR<br>
><br>
>    &CONSTRAINT<br>
>      &COLLECTIVE<br>
>        TARGET   1.89<br>
>        MOLECULE 1<br>
>        COLVAR 1<br>
>        &RESTRAINT<br>
>         k 0.1<br>
>        &END RESTRAINT<br>
>      &END COLLECTIVE<br>
><br>
>   &END CONSTRAINT<br>
><br>
> When I added this:<br>
> &EXT_RESTART<br>
>  RESTART_FILE_NAME A-1.restart<br>
>  RESTART_DEFAULT TRUE<br>
> &END EXT_RESTART<br>
><br>
> the error happened:<br>
><br>
>     |  Error in constraints setup!<br>
>     |  A constraint has been defined for a molecule type<br>
>     |   but the atoms specified in the constraint and the a    |<br>
> Error in constraints setup!<br>
>     |  A constraint has been defined for a molecule type<br>
>     |   but the atoms specified in the constraint and the atoms<br>
> defined for<br>
>     |   the molecule DO NOT match!<br>
><br>
> Any suggestion is appreciated !<br>
><br>
> cheers,<br>
> Liu<br>
><br>
> --<br>
><br>
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
> To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
> To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
> For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
><br>
><br>
><br>
<br>
--<br>
<br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div><br>