But why can't the atomic kinds be assigned from the amber parameter file instead of being automatically generated?<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 10, 2009 at 4:09 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div bgcolor="#FFFFFF"><div>No, for varius reasons of compatibility between AMBER and CHARMM (which is the FF natively supported) this is not possible.<br>
<br>---------------------------------------------<div>Teodoro Laino</div><div>Zurich Switzerland</div><div><br></div><div>Contact info:</div><div>Tel.:     <a href="http://www.jajah.com/Teo" target="_blank"></a><a href="http://www.jajah.com/Teo" target="_blank">http://www.jajah.com/Teo</a><span></span></div>
<div><span>E-mail: <a href="mailto:teo...@laino.eu" target="_blank"></a><a href="mailto:teo...@laino.eu" target="_blank">teo...@laino.eu</a></span></div><div><span>             <a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank"></a><a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a></span></div>
<font color="#888888"><div>---------------------------------------------</div></font></div><div><div></div><div class="h5"><div><br>On 10 Jun 2009, at 16:06, Marius Retegan <<a href="mailto:marius.s...@gmail.com" target="_blank">marius.s...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>Hi,<br><br>When using amber parameter files the atomic kind name <br>is automatically generated and is different from the atomic<br>kinds in the amber force field. Is it possible to change this behaviour?<br>
<br>Thanks<br>
Marius<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 9, 2009 at 6:12 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank"></a><a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Regtests are there not to provide meaningful example but for checking<br>
integrity while developing.<br>
In this case that regtest is testing something totally different than<br>
the covalent radius for QMMM.<br>
As you realized by yourself, if you provide the correct types, the right<br>
radius will be parsed and used.<br>
<br>
Teo<br>
<div><br>
<br>
Marius Retegan wrote:<br>
><br>
><br>
> On Tue, Jun 9, 2009 at 5:35 PM, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank"></a><a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a><br>
</div><div><div></div><div>> <mailto:<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank"></a><a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>>> wrote:<br>
><br>
><br>
>     By default all atoms have the same covalent radius.<br>
><br>
><br>
> I got this.<br>
><br>
><br>
>     Please use the tools provided by Axel and the CMM folks<br>
>     (covalent_radii.pl, you can get here in this group under Files) if you<br>
>     want realistic values.<br>
><br>
><br>
> What confused me is that the input that I was referring to has the<br>
> following section:<br>
>     &MM_KIND H<br>
>       RADIUS 0.440<br>
>     &END MM_KIND<br>
>     &MM_KIND O<br>
>       RADIUS 0.780<br>
>     &END MM_KIND<br>
> With this all atoms get the same radii. So this part of the input it's<br>
> useless.<br>
> If I change it to HT and OT I get the expected values.<br>
> Marius<br>
><br>
><br>
><br>
>     Regards<br>
>     Teo<br>
><br>
>     Marius Retegan wrote:<br>
>     > Apparently cp2k assigns the same covalent radius for the MM atoms.<br>
>     > I took the input file from tests/QMMM/QS/regtest-4/wat_nacl.inp and<br>
>     > changed the print level to medium.<br>
>     > This is what I get:<br>
>     ><br>
>     >      MM    POINT CHARGES GENERATING THE QM/MM ELECTROSTATIC<br>
>     POTENTIAL<br>
>     ><br>
>     ><br>
>      -------------------------------------------------------------------------<br>
>     >         MM ATOM:    3 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    4 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -0.834000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    5 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    6 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    7 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -0.834000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    8 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:    9 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:   10 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    1.000000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     >         MM ATOM:   11 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -1.000000CORR.<br>
>     > RADIUS    1.511781<br>
>     ><br>
>     > Atom 3 is an oxygen, while 4 if a hydrogen. Is this related to<br>
>     > periodic QM/MM?<br>
>     > Thanks<br>
>     > Marius<br>
>     ><br>
>     > ><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> ><br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><br>
</div></div></div><br>
</blockquote></div><br>