<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 9, 2009 at 5:35 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
By default all atoms have the same covalent radius.</blockquote><div><br>I got this. <br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Please use the tools provided by Axel and the CMM folks<br>
(covalent_radii.pl, you can get here in this group under Files) if you<br>
want realistic values.</blockquote><div><br>What confused me is that the input that I was referring to has the following section:<br>    &MM_KIND H<br>      RADIUS 0.440<br>    &END MM_KIND<br>    &MM_KIND O<br>
      RADIUS 0.780<br>    &END MM_KIND<br>With this all atoms get the same radii. So this part of the input it's useless.<br>If I change it to HT and OT I get the expected values.<br>Marius<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Regards<br>
Teo<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
Marius Retegan wrote:<br>
> Apparently cp2k assigns the same covalent radius for the MM atoms.<br>
> I took the input file from tests/QMMM/QS/regtest-4/wat_nacl.inp and<br>
> changed the print level to medium.<br>
> This is what I get:<br>
><br>
>      MM    POINT CHARGES GENERATING THE QM/MM ELECTROSTATIC POTENTIAL<br>
><br>
>  -------------------------------------------------------------------------<br>
>         MM ATOM:    3 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    4 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -0.834000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    5 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    6 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    7 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -0.834000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    8 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:    9 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    0.417000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:   10 RADIUS:    1.511781 CHARGE:    1.000000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
>         MM ATOM:   11 RADIUS:    1.511781 CHARGE:   -1.000000CORR.<br>
> RADIUS    1.511781<br>
><br>
> Atom 3 is an oxygen, while 4 if a hydrogen. Is this related to<br>
> periodic QM/MM?<br>
> Thanks<br>
> Marius<br>
><br>
> ><br>
<br>
<br>
</div></div><br>
</blockquote></div><br>