Thanks a lot for all your comments.<br><br>Marius<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 18, 2009 at 5:14 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
The bug (which was depending on the way of reading natively AMBER prmtop<br>
files) is now fixed in the CVS (thanks for reporting)!<br>
Just few comments about your QMMM setup.<br>
1) The way it is setup you will hardly have a conserved energy (you have<br>
a PERIODIC MM) but you don't use the periodic QMMM version (see PERIODIC<br>
in QMMM). Alternatively you may think about using a spherical cutoff for<br>
the electrostatic (that is tapering the interaction after a certain cutoff).<br>
2) you may want to specify proper covalent radius for the QMMM<br>
electrostatic interactions (at the moment you rely on the default which<br>
is 0.78 (if I'm not wrong) for all atoms).<br>
<br>
Have a nice QMMM.<br>
Teo<br>
<br>
p.s.: about the xc_deriv and xc_smooth_rho I would not suggest you to<br>
use them unless you really know what you are doing. Most of the time you<br>
don't need to specify those keywords (only for few pathological cases.<br>
CH4 or H2O are definitely not one of them).<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Marius Retegan wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> In my continuing saga of using cp2k for running qm/mm calculations I<br>
> have encounter yet another bump.<br>
> While using the input below I get this error "FORCEFIELD| Missing Bond<br>
>              (  CT,  HC)" and angle ...<br>
><br>
> &GLOBAL<br>
>   PROJECT mebox_qmmm<br>
>   RUN_TYPE MD<br>
>   PRINT_LEVEL LOW<br>
> &END GLOBAL<br>
><br>
> &MOTION<br>
>   &MD<br>
>    ENSEMBLE NVT<br>
>    STEPS 1000<br>
>    TIMESTEP 1.0<br>
>    TEMPERATURE 298<br>
>    &THERMOSTAT<br>
>      REGION GLOBAL<br>
>      TYPE CSVR<br>
>      &CSVR<br>
>        TIMECON 100<br>
>      &END CSVR<br>
>    &END THERMOSTAT<br>
>   &END MD<br>
>   &PRINT<br>
>     &RESTART OFF<br>
>     &END RESTART<br>
>     &RESTART_HISTORY OFF<br>
>     &END RESTART_HISTORY<br>
>   &END PRINT<br>
> &END MOTION<br>
><br>
> &FORCE_EVAL<br>
>   METHOD QMMM<br>
><br>
>   &DFT<br>
>     CHARGE 0<br>
>     BASIS_SET_FILE_NAME         GTH_BASIS_SETS<br>
>     POTENTIAL_FILE_NAME         GTH_POTENTIALS<br>
>     &MGRID<br>
>       CUTOFF 280<br>
>       COMMENSURATE<br>
>     &END MGRID<br>
>     &SCF<br>
>       MAX_SCF     20<br>
>       EPS_SCF     1.0E-6<br>
>       &OT T<br>
>         PRECONDITIONER FULL_ALL<br>
>         MINIMIZER DIIS<br>
>       &END OT<br>
>       &PRINT<br>
>         &RESTART OFF<br>
>         &END RESTART<br>
>         &RESTART_HISTORY OFF<br>
>         &END RESTART_HISTORY<br>
>       &END PRINT<br>
>     &END SCF<br>
>     &QS<br>
>       EPS_DEFAULT 1.0E-12<br>
>       MAP_CONSISTENT<br>
>       EXTRAPOLATION ASPC<br>
>       EXTRAPOLATION_ORDER 3<br>
>     &END QS<br>
>     &XC<br>
>       &XC_GRID<br>
>         XC_SMOOTH_RHO NN10<br>
>         XC_DERIV NN10_SMOOTH<br>
>       &END XC_GRID<br>
>       &XC_FUNCTIONAL BLYP<br>
>       &END XC_FUNCTIONAL<br>
>     &END XC<br>
>     &POISSON<br>
>       POISSON_SOLVER MULTIPOLE<br>
>       PERIODIC NONE<br>
>     &END POISSON<br>
>   &END DFT<br>
><br>
>   &MM<br>
>     &FORCEFIELD<br>
>       VDW_SCALE14 0.5<br>
>       EI_SCALE14  0.8333333<br>
>       SCALE_CUTOFF .FALSE.<br>
>       PARM_FILE_NAME mebox.prmtop<br>
>       PARMTYPE AMBER<br>
>       &SPLINE<br>
>         EMAX_SPLINE 1.0<br>
>         RCUT_NB 10<br>
>       &END<br>
>     &END FORCEFIELD<br>
>     &POISSON<br>
>       &EWALD<br>
>         EWALD_TYPE SPME<br>
>         ALPHA .36<br>
>         GMAX 23 23 23<br>
>       &END EWALD<br>
>     &END POISSON<br>
>   &END MM<br>
><br>
>   &QMMM<br>
>     E_COUPL GAUSS<br>
>     USE_GEEP_LIB  7<br>
>     &CELL<br>
>       ABC 8.0 8.0 8.0<br>
>       PERIODIC NONE<br>
>     &END CELL<br>
>     &QM_KIND C<br>
>       MM_INDEX 1<br>
>     &END QM_KIND<br>
>     &QM_KIND H<br>
>       MM_INDEX 2 3 4 5<br>
>     &END QM_KIND<br>
>   &END QMMM<br>
><br>
>   &SUBSYS<br>
>     &CELL<br>
>       ABC [angstrom] 23.2782522  22.7141099  23.2326917<br>
>       PERIODIC XYZ<br>
>     &END CELL<br>
>     &TOPOLOGY<br>
>       COORDINATE PDB<br>
>       COORD_FILE_NAME mebox_npt.pdb<br>
>       CONNECTIVITY AMBER<br>
>       CONN_FILE_NAME mebox.prmtop<br>
>     &END<br>
>     &KIND C<br>
>       BASIS_SET DZVP-GTH<br>
>       POTENTIAL GTH-BLYP-q4<br>
>     &END KIND<br>
>     &KIND H<br>
>       BASIS_SET DZVP-GTH<br>
>       POTENTIAL GTH-BLYP-q1<br>
>     &END KIND<br>
>   &END SUBSYS<br>
> &END FORCE_EVAL<br>
><br>
> If I change QMMM with FIST the input runs.<br>
><br>
> I also have some additional questions, but on somewhat different matters.<br>
><br>
> In the latest papers that I could find that use cp2k to do qm/mm<br>
> calculations (<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ja076081h" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1021/ja076081h</a> and<br>
> <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp074858n" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1021/jp074858n</a>) the authors used a integration<br>
> step of 0.5 and 0.48. Unfortunately, they did not discussed their<br>
> choice. I'm used to running qm/mm md with other packages, but I've<br>
> always used an integration step of 1 fs. Is cp2k different :-)?<br>
><br>
> Is there any place where I can find information regarding the<br>
> parameters xc_deriv and xc_smooth_rho and are "good" choices?<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Marius<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> ><br>
<br>
<br>
</div></div><div><div></div><div class="h5"><br>
</div></div></blockquote></div><br>