<div dir="ltr">Hello<br>Just two comments on the matter.<br><br>On Thu, Oct 9, 2008 at 3:52 PM, Laino Teodoro <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Ciao Ilya,<br>
<br>
may I answer your question with an additional provocative question?<br>
Where did you get the starting geometry of your system?<br>
Is it properly thermalized?<br>
<br>
The idea behind QM/MM is to have always a fully working MM calculations,<br>
that you can switch to a QM/MM.</blockquote><div> </div><div>This is not always possible. One of the reasons that you chose QM/MM is to eliminate the need for parameters for a certain region of you system (e.g metalloproteins) <br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
You need it for several reasons.. one for all.. you need a<br>
thermalized structure<br>
and QM/MM is still too far slow to thermalize properly a system (i.e.<br>
run<br>
0.1-1 ns of NVT).<br>
<br>
So.. I highly suggest you, first, to have a working MM setup.. then<br>
you can switch<br>
  to QM/MM.<br>
<br>
Just to sweep away all the doubts.. charges for QM atoms, though<br>
requested are<br>
never used. The only classical contribution coming from QM atoms are<br>
the QM-MM<br>
non-bonded.<br>
</blockquote><div><br>I guess that you refer to van der Waals interactions, since the electrostatic interaction are computed at a QM level.  <br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Cheers<br>
Teo<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
On 9 Oct 2008, at 14:43, ilya wrote:<br>
<br>
><br>
> Hi all !!<br>
><br>
> I try to make a QM/MM sim of a small molecule (QM part) in a water box<br>
> (MM part). And i have several questions.<br>
> 1. When the program generates connectivity (CONN_FILE_FORMAT GENERATE)<br>
> it also generates connectivity for QM subsystem and asks for bond/<br>
> torsion params, which are not needed for QM part as it is described<br>
> with DFT. So should i specify QM part as ISOLATED_ATOMS to get rid of<br>
> it?<br>
> 2. Even when i use ISOLATED_ATOMS on QM subsys it steel needs charges.<br>
> Do i need to specify them (maybe they are needed for computing<br>
> nonbonded interface QM/MM forces/energies?) or do something else?<br>
><br>
> Thanks in advance.<br>
><br>
> Ilya.<br>
><br>
> ><br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>