<div dir="ltr">Hi Teo,<br><br>I am thinking to mix the restraints by colvars and a classical force_eval section. Without including the colvar restraint, the mixed potential surface is evaluated by the mixing function: <br>
(1) E(mix)=(1-k)(E1+E3)+kE2 (E1 and E2 are the two end states, and E3 is the restraint imposed by the classical force_eval). <br>As you said colvar restraints are applied at MD level, I think the overall potential energy by adding the colvar restraint will be<br>
(2) E(mix)=(1-k)(E1+E3)+kE2+V(r) (V(r) is the colvar restraint)<br>But there may be another possibility if we think that the colvar restraint is imposed to each force_eval section individually. This will lead us to <br>(3) E(mix)=(1-k)(E1+V(r)+E3+V(r))+k(E2+V(r))=(1-k)(E1+E3)+kE2+(2-k)V(r)<br>
which is different from the previous expression (Eq.(2)). <br>I tend to believe Eq.(2), but not 100% sure. What do you think?<br>Thanks.<br><br>Jun<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 27, 2008 at 3:18 PM, Laino Teodoro <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style="">
Dear Jun,<div>it is not possible since by definition restraints are applied at the MD level.. and your MD will be performed globally (i.e. on one system combination</div><div>of the two states).</div><div>What you want is to add maybe a classical term (like a bond) to your force_eval.. this makes everything more </div>
<div>complicated but in principle feasible.</div><div>good luck!</div><div>Teo</div><div class="Ih2E3d"><div><br></div><div><br><div><div>On 27 Aug 2008, at 15:55, Jun wrote:</div><br><blockquote type="cite"><p style="margin: 0px;">
<font style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;" face="Helvetica" size="3">exactly the same restraints. Does anybody know how to specify the</font></p>
 <p style="margin: 0px;"><font style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;" face="Helvetica" size="3">restraints separately?</font></p>
 </blockquote></div><br></div><br></div><div class="Ih2E3d">
</div></div><br>
</blockquote></div><br></div>