Matt et al.,<br><br>I don't think its a bug. I think that the optimization algorithm is simply running out of memory.<br>See line 570 in distribution_methods.F<br><br>There is an integer array called:<br>cost_ele_pair(nele,nele)<br>
<br>nele is equal to the number of atoms, for 8192 water molecules this is quite large. When I work out the math,<br>the integer array size is 2.25 GB per core. This is a lot memory just for optimization.<br><br>Could the 2D_MOLECULAR_DISTRIBUTION TRUE be a workaround? Do I define the molecule through<br>
some connectivity file?<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 11, 2008 at 5:18 PM, Matt W <<a href="mailto:MattWa...@gmail.com">MattWa...@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
No, thankfully it's not related.  Looks like another overflow<br>
though...thanks for pushing things!<br>
<br>
Matt<br>
<div class="Ih2E3d"><br>
On Mar 11, 9:03 pm, "Nichols A. Romero" <<a href="mailto:naro...@gmail.com">naro...@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Guys,<br>
><br>
> This might be related.<br>
><br>
> I just tried H2O-8192.inp on 512 & 1024 cores and I received the error<br>
> below.<br>
><br>
> BTW, I don't have this problem with the H2O-4096.inp<br>
><br>
> *<br>
>  *** ERROR in distribute_molecules_2d (MODULE distribution_methods)  ***<br>
>  *<br>
><br>
>  *** The memory allocation for the data object <cost_ele_pair> failed. The<br>
> ***<br>
>  *** requested memory size is -1835008 Kbytes<br>
> ***<br>
><br>
>  *** Program stopped at line number 570 of MODULE distribution_methods  ***<br>
><br>
>  *<br>
>  *** ERROR in distribute_molecules_2d (MODULE distribution_methods)  ***<br>
>  *<br>
><br>
>  *** The memory allocation for the data object <cost_ele_pair> failed. The<br>
> ***<br>
>  *** requested memory size is -1835008 Kbytes<br>
> ***<br>
><br>
</div>> On Tue, Mar 11, 2008 at 10:14 AM, Nichols A. Romero <<a href="mailto:naro...@gmail.com">naro...@gmail.com</a>><br>
<div class="Ih2E3d">> wrote:<br>
><br>
><br>
><br>
> > So can I. I am running that and some larger systems.<br>
><br>
> > Many thanks to Matt!<br>
><br>
</div><div class="Ih2E3d">> > On 3/11/08, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> > > I can confirm that with this bug-fix H2O-2048 is running nicely.<br>
><br>
> > > teo<br>
><br>
> > >  On 11 Mar 2008, at 12:09, Matt W wrote:<br>
><br>
> > >  (not well tested though).<br>
><br>
> > --<br>
</div><div class="Ih2E3d">> > Nichols A. Romero, Ph.D.<br>
> > DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>
> > High Performance Technologies, Inc.<br>
> > Reston, VA<br>
> > 443-567-8328 (C)<br>
> > 410-278-2692 (O)<br>
><br>
> --<br>
> Nichols A. Romero, Ph.D.<br>
> DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>
> High Performance Technologies, Inc.<br>
> Reston, VA<br>
> 443-567-8328 (C)<br>
> 410-278-2692 (O)<br>
</div><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Nichols A. Romero, Ph.D.<br>DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>High Performance Technologies, Inc.<br>Reston, VA<br>443-567-8328 (C)<br>
410-278-2692 (O)