Guys,<br><br>Thanks for all the help. I would need to ask permission from the user before I can<br>post the input file. He is gone for the day already though. It is also very large and we should<br>try to reproduce the error with something much smaller. At the moment, 4096 & 8192 water<br>
benchmark input file (from the CP2K test cases) suffers from the same error message.<br>It has nothing to do with periodicity.<br><br>Have others been able to run the 4096 & 8192 water benchmarks with distribution_type distributed?<br>
If so, then maybe it is something that is computer specific. A much smaller test case, of 3x3 water<br>molecules ran without a problem. I've also run some other calculations in the 2000 atom range.<br><br>To answer Matt's, questions I don't know. I will run again to find out.<br>
<br>Teo, I will work on the replicated case and get back to you.<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 29, 2008 at 4:01 PM, Matt W <<a href="mailto:MattWa...@gmail.com">MattWa...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
Hi Nichols,<br>
<br>
as Teo says extra details would help.  The slightly esoteric message<br>
indicates that the processor involved doesn't possess the density<br>
matrix block that it thinks it should have.  Is the crash immediate,<br>
do you get an initial density....<br>
<br>
It's not a problem with the size of vacuum, but it could be with the<br>
non-periodic boundary conditions.<br>
<font color="#888888"><br>
Matt<br>
</font><div class="Ih2E3d"><br>
On Feb 29, 8:46 pm, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Nick,<br>
><br>
> for DFT this is the section you need to check:<br>
><br>
> <a href="http://cp2k.berlios.de/input/" target="_blank">http://cp2k.berlios.de/input/</a><br>
> InputReference~__ROOT__~FORCE_EVAL~DFT~MGRID~RS_GRID.html<br>
><br>
> in particular distribution_type therein..<br>
> Ciao,<br>
> teo<br>
><br>
> On 29 Feb 2008, at 21:43, Nichols A. Romero wrote:<br>
><br>
> > Ciao Teo,<br>
><br>
> > I cannot find the keyword to do realspace replicated. Can you help?<br>
><br>
> > On Fri, Feb 29, 2008 at 3:31 PM, Teodoro Laino<br>
</div><div><div></div><div class="Wj3C7c">> > <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > Ciao Nick,<br>
><br>
> > Looks like it is a problem with the new real-space distirbution..<br>
> > can you try<br>
><br>
> > the realspace distribution -> replicated ?<br>
> > Does it work?<br>
><br>
> > In case I guess people working on that need an input file (even a<br>
> > fake one) reproducing the same error to debug the problem..<br>
><br>
> > Thanks Nick!<br>
> > teo<br>
><br>
> > On 29 Feb 2008, at 21:23, Nichols A. Romero wrote:<br>
><br>
> >> Hi,<br>
><br>
> >> We are working on a very large system size ~ 4000 atoms. It is<br>
> >> finite system and<br>
> >> there is about 20 Bohr of vacuum on all sides. (Probably overkill).<br>
><br>
> >> I think the error that I am receiving has to do with the parallel<br>
> >> distribution of<br>
> >> the data. Would the distribution algorithm fail if there is too<br>
> >> much vacuum perhaps?<br>
><br>
> >> Here is the error message. BTW, we seem to be able to run the 4096<br>
> >> & 8196 test<br>
> >> cases.<br>
><br>
> >>   Extrapolation method: initial_guess<br>
><br>
> >>  *<br>
> >>  *** ERROR in pack_matrix almost there  ***<br>
> >>  *<br>
><br>
> >>  *** Matrix block not found  ***<br>
><br>
> >> --<br>
> >> Nichols A. Romero, Ph.D.<br>
> >> DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>
> >> High Performance Technologies, Inc.<br>
> >> Reston, VA<br>
> >> 443-567-8328 (C)<br>
> >> 410-278-2692 (O)<br>
><br>
> > --<br>
> > Nichols A. Romero, Ph.D.<br>
> > DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>
> > High Performance Technologies, Inc.<br>
> > Reston, VA<br>
> > 443-567-8328 (C)<br>
> > 410-278-2692 (O)<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Nichols A. Romero, Ph.D.<br>DoD User Productivity Enhancement and Technology Transfer (PET) Group<br>High Performance Technologies, Inc.<br>Reston, VA<br>443-567-8328 (C)<br>
410-278-2692 (O)