<div>My goal is to learn how to design a covalent bond-breaking reaction model. So I do what usually works for me with most applications, take an example I know works 2gly_CI-NEB.inp but I try to build the inital and final images using H2O2, H2O & O2 molecular files. I modified these files.
</div>
<div> </div>
<div>I only want the final geometry to represent two water molecules and one diatomic oxygen with sufficient distance to make any weak interactions such as hydrogen bonds non-existent So I've displaced them 2 angstroms along x and now I tried 1 angstrom along y. 
</div>
<div>So I guess I can use that triangle formula since it is only two axis. 2sqr + 1sqr = csqr = 5 so c = sqrt 5 < 2.8 ... maybe not enough distance.<br></div>
<div>As far as the FF goes, can you point me to an example that has FF configured correctly for a bond-breaking reaction? Moreover, are there any bond-breaking examples I can look at?</div>
<div> </div>
<div>Jack</div>
<div> </div>
<div class="gmail_quote">On Jan 21, 2008 2:58 AM, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div style="WORD-WRAP: break-word"><br>
<div>
<div class="Ih2E3d">
<div>On 21 Jan 2008, at 04:35, Jack Shultz wrote:</div><br>
<blockquote type="cite"><span style="WORD-SPACING: 0px; FONT: 12px Helvetica; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate">So I did not displace the water molecules appropriately? 
</span></blockquote></div>
<div>what do you mean with appropriately? If that is the geometry that you want to get as your final state.. that's fine.. but don't expect</div>
<div>the topology generator to work properly with it..</div>
<div class="Ih2E3d"><br>
<blockquote type="cite"><span style="WORD-SPACING: 0px; FONT: 12px Helvetica; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate">I only tried to seperate them by 2 angstroms along the x-axis...maybe I should move them 1 angstrom along the y-axis as well?
</span></blockquote></div>a typical hydrogen bond (O1-O2) for bulk water is ~ 2.8 angstrom..  (as you said yours is 2.0 Angstgrom)..</div>
<div><br>
<blockquote type="cite"><span style="WORD-SPACING: 0px; FONT: 12px Helvetica; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate">Should that help?
</span></blockquote>Sorry.. I don't understand why/where you are expecting an help changing the geometry of the final state of the NEB.</div>
<div>Perhaps, I was not clear in my last message:</div>
<div><br></div>You've setup a bond-breaking reaction with a classical FF: 
<div>1) You didn't provide any parameter file for the classical FF (!) (and this causes the abnormal termination of cp2k)</div>
<div>2) You cannot do BB* with CP2K, using a classical Hamiltonian.<br>
<div><br></div>
<div>*(Bond-Breaking)</div>
<div><br></div>
<div>cheers,</div>
<div>Teo</div>
<div><br></div></div>
<div class="Ih2E3d"><br></div></div><br></blockquote></div><br>