<div>Thanks Shawn,</div>
<div> </div>
<div>Before I go off and download that. I notice that CP2K CONNECTIVITY has a default <em>GENERATE</em> </div>
<div><font face="Courier New">GENERATE</font>: Use a simple distance criteria. (Look at keyword BONDPARM) <br>I may be runing while should be walking...trying to create an CI_NEB for 2 H2O2-->2H2O+O2</div>
<div>I tried GENERATE like so</div>
<div> </div>
<div><font size="2">&TOPOLOGY</font></div>
<div>
<p>CHARGE_BETA</p>
<p>COORD_FILE_NAME 2H2O.pdb</p>
<p>COORDINATE PDB</p>
<p>CONNECTIVITY GENERATE</p>
<p>&END TOPOLOGY</p></div>
<div>This gets a little bit hung on Generate</div>
<div><br> GENERATE|  Number of Torsions generated:                                      2</div>
<div> GENERATE|  Number of Impropers generated:                                     0</div>
<div> GENERATE|  Number of 1-4 interactions generated:                              2</div>
<div> </div>
<div>Would you recomend generating with the plugin then or should I be able to do it with CP2K</div>
<div> </div>
<div class="gmail_quote">On Jan 20, 2008 5:18 PM, Shawn T. Brown <<a href="mailto:shawn...@gmail.com">shawn...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">The programs VMD and  NAMD has a program called psfgen.  Check out the website <a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/" target="_blank">
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/psfgen/</a> for info.<br><br>Cheers,<br>Shawn 
<div class="Ih2E3d"><br><br><br>
<div class="gmail_quote">On Jan 20, 2008 5:11 PM, Jack Shultz <<a href="mailto:jackyg...@gmail.com" target="_blank">jackyg...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<p>Is there any GPL software for generating PSF ?</p><br><br></blockquote></div><br><br></div><br><br></blockquote></div><br>