<div>Well that is why I have Scripp's Open Source AutoDock4 integrated into my project. What I'm proposing is combining the power of molecular docking with other types of molecular analysis. I can develop the process flow of input and output from one application to another, but I don't want to waist time on a process that has no chance of producing helpful information.
</div>
<div> </div>
<div>Maybe some day I'll be someone and making the big bucks as you say. For now I try to do good deeds and see where it gets me with the hopes of finding clean energy technology that I can make available to the public domain. I've had a lot of luck getting help from open source developers assisting me with the BOINC architecture for distributed computing. I've gotten too far to give up easily. At the very least this project has taught me more than I would learn by watching American Idol. Perhaps not as much as I would learn from Colbert but he is off the air.
</div>
<div> </div>
<div>At this stage of the game I'm just trying to formulate a plan and vet this plan out among the proverbial experts in molecular modeling. <br></div>
<div>Regards,</div>
<div> </div>
<div>Jack<br></div>
<div class="gmail_quote">On Jan 7, 2008 10:20 AM, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div style="WORD-WRAP: break-word">Hi Jack, 
<div><br></div>
<div>what you want to do is what many pharmaceutical (and not only) company (money) aim to do. The most efficient you do it and the more money you get back.</div>
<div>And where there's money the competition is always quite high ;-)..</div>
<div><br></div>
<div>I'm not an expert of that but I would highly suggest you to have a look at what is going on out there.. With some effort I'm sure you can find</div>
<div>quite few informations.</div>
<div><br></div>
<div>Regarding cp2k the only thing I can tell you is that we don't support at the moment any specific(automatic)-docking algorithm.</div>
<div><br></div>
<div>Good Luck!</div>
<div>Teo</div>
<div class="Ih2E3d">
<div><br>
<div>
<div>On 7 Jan 2008, at 15:50, Jack Shultz wrote:</div><br>
<blockquote type="cite"><span style="WORD-SPACING: 0px; FONT: 12px Helvetica; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate">
<div>Perhaps treat it in a couple scenarios:</div>
<div>1) Run molecular docking on transition state structures with a catalysts where the TSS model is derived in a reaction isolated from any catalysts.</div>
<div>2) Then another scenario, run a molecular docking between the substrate and an enzyme. Generate a quantum box to of approximate 30 atoms and simulate a reaction within that area, ignoring external influences</div>
<div> </div></span></blockquote></div><br></div><br></div>
<div class="Ih2E3d">