Atoms are not relaxing, but successful optimization

Samuel Lamphier samuell... at gmail.com
Thu Mar 22 13:17:07 UTC 2012


Thank you for your response, I used crystal maker to derive a 2x2x2
 supercell, I exported the orthogonal coordinates directly. However, I
 thought that if I incorporated a vacancy that I would see a much
 larger relaxation as I do using classical simulations. The change was
 on the order of 0.000001 for cp2k and during classical simulations, I
 observed changes of 0.1 to 1.5A during relaxation.

On Mar 21, 2:45 pm, Nathaniel Swenson <nate... at gmail.com> wrote:
> Hello,
>
> My greatest apologies if you have already checked this, but this is a
> simple point of clarification:
>
> The cell_d-pos-1.xyz file typically should contain not just ONE set of
> coordinates, but it should have sets of coordinates from ALL the
> geometry optimization steps, all in one file.  Typically, the first
> set of coordinates that appear in this file are your input
> coordinates, so if you are simply opening this file with a
> visualization program, this could explain why you are only getting
> your input coordinates back.  On the contrary, the last set of
> coordinates in the file should be your optimized coordinates.
>
> How many sets of coordinates are showing up in your cell_d-pos-1.xyz
> file?
>
> Best wishes,
> Nathaniel Swenson
> Northwestern University
>
> On Mar 21, 12:12 pm, Samuel Lamphier <samuell... at gmail.com> wrote:
>
>
>
>
>
>
>
> > Hello all, I am modeling cerium oxide nano particles. I have prepared
> > input file with high cutoffs, however, I have had good luck with
> > optimizations. Then I discovered a problem, my atoms are not relaxing,
> > is there something I am doing incorrectly?
>
> > &GLOBAL
> >    PRINT_LEVEL  LOW
> >    PROJECT_NAME cell_d
> >    RUN_TYPE  CELL_OPT
> >    FLUSH_SHOULD_FLUSH  T
> >  &END GLOBAL
> >  &MOTION
> >    &GEO_OPT
> >      TYPE  MINIMIZATION
> >      OPTIMIZER  BFGS
> >      MAX_ITER             5000
> >      MAX_DR     2.9999999999999997E-05
> >      MAX_FORCE     5.0000000000000003E-06
> >      RMS_DR     1.4999999999999999E-05
> >      RMS_FORCE     5.0000000000000001E-06
> >      STEP_START_VAL               1
> >      &PRINT
> >        &PROGRAM_RUN_INFO
> >        &END PROGRAM_RUN_INFO
> >      &END PRINT
> >    &END GEO_OPT
> >    &CELL_OPT
> >      OPTIMIZER  CG
> >      MAX_ITER             3000
> >      MAX_DR     3.0000000000000001E-05
> >      MAX_FORCE     5.0000000000000000E-06
> >      RMS_DR     1.5000000000000000E-05
> >      RMS_FORCE     2.9999999999999997E-06
> >      STEP_START_VAL              1
> >      TYPE  GEO_OPT
> >      PRESSURE_TOLERANCE     1.0000000000000000E-01
> >      &CG
> >        MAX_STEEP_STEPS               0
> >        RESTART_LIMIT     9.4999999999999996E-01
> >        &LINE_SEARCH
> >          TYPE  2PNT
> >        &END LINE_SEARCH
> >      &END CG
> >    &END CELL_OPT
> >  &END MOTION
> >  &FORCE_EVAL
> >    METHOD  QS
> >    STRESS_TENSOR  ANALYTICAL
> >    &DFT
> >      CHARGE               0
> >      PLUS_U_METHOD MULLIKEN
> >      &SCF
> >        MAX_SCF              1000
> >        EPS_SCF     9.9999999999999995E-08
> >        SCF_GUESS  ATOMIC
> >        &OT  T
> >          MINIMIZER  DIIS
> >          PRECONDITIONER  FULL_ALL
> >          ENERGY_GAP     1.0000000000000000E-03
> >        &END OT
> >        &OUTER_SCF  T
> >          EPS_SCF     9.9999999999999995E-08
> >        &END OUTER_SCF
> >      &END SCF
> >      &QS
> >        EPS_DEFAULT     9.9999999999999998E-13
> >      &END QS
> >      &MGRID
> >        CUTOFF     3.0000000000000000E+02
> >      &END MGRID
> >      &XC
> >        DENSITY_CUTOFF     1.0000000000000000E-10
> >        GRADIENT_CUTOFF     1.0000000000000000E-10
> >        TAU_CUTOFF     1.0000000000000000E-10
> >        &XC_GRID
> >          XC_SMOOTH_RHO  NONE
> >          XC_DERIV  SPLINE2_SMOOTH
> >        &END XC_GRID
> >        &XC_FUNCTIONAL  NO_SHORTCUT
> >          &PADE  T
> >          &END PADE
> >        &END XC_FUNCTIONAL
> >      &END XC
> >     &PRINT
> >        &MO_CUBES  SILENT
> >          STRIDE               1              1              1
> >          NLUMO               0
> >          NHOMO               1
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END MO_CUBES
> >        &E_DENSITY_CUBE  SILENT
> >          STRIDE               1              1              1
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END E_DENSITY_CUBE
> >        &TOT_DENSITY_CUBE  SILENT
> >          STRIDE               1              1              1
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END TOT_DENSITY_CUBE
> >        &PDOS  SILENT
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END PDOS
> >        &MULLIKEN
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END MULLIKEN
> >        &LOWDIN
> >          &EACH
> >            GEO_OPT               1
> >          &END EACH
> >        &END LOWDIN
> >       &DFT_CONTROL_PARAMETERS
> >       &END DFT_CONTROL_PARAMETERS
> >       &PLUS_U
> >       &END PLUS_U
> >     &END PRINT
> >    &END DFT
> >    &SUBSYS
> >      &CELL
> > A  16.23402000   0.000000000    0.0000000000
> > B  0.000000000   16.23402000    0.0000000000
> > C  0.000000000   0.000000000    16.234020000
> >        PERIODIC XYZ
> >      &END CELL
> >      &COORD
> > Ce           0.00000    14.88119     14.88119
> > Ce           0.00000    14.88119    9.46985
> > Ce           0.00000    14.88119   4.05851
> > Ce           0.00000    9.46985     14.88119
> > Ce           0.00000    9.46985    9.46985
> > Ce           0.00000    9.46985   4.05851
> > Ce           0.00000   4.05851     14.88119
> > Ce           0.00000   4.05851    9.46985
> > Ce           0.00000   4.05851   4.05851
> > Ce           5.41134    14.88119     14.88119
> > Ce           5.41134    14.88119    9.46985
> > Ce           5.41134    14.88119   4.05851
> > Ce           5.41134    9.46985     14.88119
> > Ce           5.41134    9.46985    9.46985
> > Ce           5.41134    9.46985   4.05851
> > Ce           5.41134   4.05851     14.88119
> > Ce           5.41134   4.05851    9.46985
> > Ce           5.41134   4.05851   4.05851
> > Ce          10.82268    14.88119     14.88119
> > Ce          10.82268    14.88119    9.46985
> > Ce          10.82268    14.88119   4.05851
> > Ce          10.82268    9.46985     14.88119
> > Ce          10.82268    9.46985    9.46985
> > Ce          10.82268    9.46985   4.05851
> > Ce          10.82268   4.05851     14.88119
> > Ce          10.82268   4.05851    9.46985
> > Ce          10.82268   4.05851   4.05851
> > Ce           0.00000    12.17552    12.17552
> > Ce           0.00000    12.17552    6.76418
> > Ce           0.00000    12.17552   1.35284
> > Ce           0.00000    6.76418    12.17552
> > Ce           0.00000    6.76418    6.76418
> > Ce           0.00000    6.76418   1.35284
> > Ce           0.00000   1.35284    12.17552
> > Ce           0.00000   1.35284    6.76418
> > Ce           0.00000   1.35284   1.35284
> > Ce           5.41134    12.17552    12.17552
> > Ce           5.41134    12.17552    6.76418
> > Ce           5.41134    12.17552   1.35284
> > Ce           5.41134    6.76418    12.17552
> > Ce           5.41134    6.76418    6.76418
> > Ce           5.41134    6.76418   1.35284
> > Ce           5.41134   1.35284    12.17552
> > Ce           5.41134   1.35284    6.76418
> > Ce           5.41134   1.35284   1.35284
> > Ce          10.82268    12.17552    12.17552
> > Ce          10.82268    12.17552    6.76418
> > Ce          10.82268    12.17552   1.35284
> > Ce          10.82268    6.76418    12.17552
> > Ce          10.82268    6.76418    6.76418
> > Ce          10.82268    6.76418   1.35284
> > Ce          10.82268   1.35284    12.17552
> > Ce          10.82268   1.35284    6.76418
> > Ce          10.82268   1.35284   1.35284
> > Ce           2.70567    12.17552     14.88119
> > Ce           2.70567    12.17552    9.46985
> > Ce           2.70567    12.17552   4.05851
> > Ce           2.70567    6.76418     14.88119
> > Ce           2.70567    6.76418    9.46985
> > Ce           2.70567    6.76418   4.05851
> > Ce           2.70567   1.35284     14.88119
> > Ce           2.70567   1.35284    9.46985
> > Ce           2.70567   1.35284   4.05851
> > Ce           8.11701    12.17552     14.88119
> > Ce           8.11701    12.17552    9.46985
> > Ce           8.11701    12.17552   4.05851
> > Ce           8.11701    6.76418     14.88119
> > Ce           8.11701    6.76418    9.46985
> > Ce           8.11701    6.76418   4.05851
> > Ce           8.11701   1.35284     14.88119
> > Ce           8.11701   1.35284    9.46985
> > Ce           8.11701   1.35284   4.05851
> > Ce          13.52835    12.17552     14.88119
> > Ce          13.52835    12.17552    9.46985
> > Ce          13.52835    12.17552   4.05851
> > Ce          13.52835    6.76418     14.88119
> > Ce          13.52835    6.76418    9.46985
> > Ce          13.52835    6.76418   4.05851
> > Ce          13.52835   1.35284     14.88119
> > Ce          13.52835   1.35284    9.46985
> > Ce          13.52835   1.35284   4.05851
> > Ce           2.70567    14.88119    12.17552
> > Ce           2.70567    14.88119
>
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